Riktlinjerna för Etlas verksamhet fastställs av styrelsen, som samlas 4–5 gånger per år. Styrelsen består av 8–11 medlemmar. Bland dem finns både inflytelserika personer från näringslivet och personer med gedigen forskningserfarenhet. Christoph Vitzthum är styrelsens ordförande.
Den praktiska verksamheten leds av verkställande direktören, Aki Kangasharju från och med mars 2019.
Etla är på basen av forskningsteman organiserad i 4 forskningsgrupper och för dessa behövliga stödfunktioner. Etla har ett eget dotterbolag, Etlatieto Oy, för utvalda forskningsprojekt.
