Etlan toiminnan peruslinjat määrittää hallitus, joka kokoontuu 4–5 kertaa vuodessa. Hallituksessa on 8–11 jäsentä, jäseninä on sekä elinkeinoelämän vaikuttajia että laajan tutkimuskokemuksen omaavia henkilöitä. Hallituksen puheenjohtaja on Christoph Vitzthum.
Käytännön toimintaa johtaa toimitusjohtaja, vuoden 2019 maaliskuusta Aki Kangasharju.
Etla on organisoitunut tutkimusteemojen perusteella 4 tutkimusryhmään sekä niitä tukevaan tukitoimintoon. Etlalla on oma tytäryhtiö, Etlatieto Oy, valikoituja tutkimushankkeita varten.
