Kioton pöytäkirjan hankemekanismit (puhtaan kehityksen mekanismi, CDM ja yhteistoteutus, JI) lisäävät joustavuutta ilmastosopimusjärjestelmään ja päästökauppajärjestelmiin. Ne vähentävät päästöjen vähentämisen kustannuksia sekä suoraan (hankkeiden halvempi toteuttaminen ulkomailla) että välillisesti (ansaitut päästöyksiköt kasvattavat markkinoiden likviditeettiä). Kansainväliset hiilimarkkinat ovat osoittaneet suurimpia hankemarkkinoiden ongelmia. CDM-markkinat keskittyvät suureksi osaksi rikkaimpiin, suurimpiin ja paljon saastuttaviin kehitysmaihin. Prosessissa on paljolti taustalla kansainvälisten pääomien riskien hallinta. Epävakaammat ja hankekäytännöiltään kehittymättömämmät kehitysmaat ovat vähemmän houkuttelevia hankkeiden kohteita. Nämä maat eivät myöskään tarjoa mahdollisuuksia yhtä suuriin ja tuottoisiin hankkeisiin. Vaikka moni pienempikin kehitysmaa toimii jo CDM-hankkeiden isäntämaana, markkinoiden keskittyminen näyttäisi ruokkivan itseään. Kansainvälinen yhteisö uudistaakin etenkin puhtaan kehityksen mekanismin markkinoiden sääntelyä (esim. ohjelma-CDM :n kehittäminen ja uudet rahoitusmekanismit). Tavoitteena on ohjata myös eri hanketyyppien suosimista. Ilmastosopimusneuvotteluissa suurimpia kehitysmaita myös suostutellaan ottamaan osaa taakanjakoon, jolloin ne vastaisuudessa eivät kilpailisi hankkeista muiden kehitysmaiden vaan teollisuusmaiden kanssa (JI-hankkeista). CDM- ja JI-markkinoiden kehittymisen kannalta oleellista on myös se, minkälainen rooli hankemekanismeilla on jatkossa EU :n sisäisessä päästökauppajärjestelmässä (EU ETS). Tulevaisuudessa EU ETS on paljon ylikansallisempi ja sääntelee hankemarkkinoita harmonisoidun säännöin. Hankemekanismien osalta suurin ongelma kansainvälisessä ilmastosopimusjärjestelmässä on kuitenkin keinotekoinen kahtiajako teollisuus- ja kehitysmaihin. Päästökauppajärjestelmissä eri alueiden, maiden ja teollisuudenalojen toiminnanharjoittajien kehityserot voidaan huomioida paljon tehokkaammin. Kansainvälisesti kattavampaa päästökauppajärjestelmää voidaan alkaa rakentaa linkittämällä toisiinsa jo olemassa olevia päästökauppajärjestelmiä.
